Savaeigių plaukiojimo priemonių poveikio aplinkai tyrimai parodė, kad jų daromas poveikis gamtinei vandens ekosistemų aplinkai yra neigiamas. Didžiausias poveikis yra intensyviai rekreacijai naudojamuose vandens telkiniuose. Žalos spektras yra labai platus, jis apima fizinį (bangos, triukšmas, turbulencija, tiesioginiai susidūrimai), cheminį (į vandenį patenkantis kuras, tepalai, degimo produktai, korpuso dažai, iš dugno nuosėdų pakeliami ankstesnės taršos produktai), biologinį (hidrobiontų bei vandens paukščių trikdymas ir žūtis) bei socialinį (triukšmas, bangavimas) poveikius.
Gamtinė žala pasireiškia krantų erozija, makrofitų ir vienaląsčių augalų produkcijos mažėjimu (arba atvirkščiai – pernelyg dideliu klestėjimu –„žydėjimu“), akustiniu ir fiziologiniu stresu žuvims ar kitiems hidrobiontams.
Žala paukščiams pasireiškia baidymu maitinimosi ir veisimosi vietose, jų mitybinės bazės suprastėjimu dėl sumažėjusios augalų ir bestuburių gyvūnų produkcijos, žuvų nerštaviečių destrukcija dėl turbulencijos sukeltų nuosėdų judėjimo, vietinių populiacijų produktyvumo sumažėjimu dėl kiaušinių iškritimo iš lizdų (veikiant bangavimui) arba dėčių žuvimo (plėšrūnams aplankant išgąsdintų paukščių paliktus lizdus), jauniklių nuo tėvų pasimetimo dėl staiga priartėjusių baidymo objektų ir pan. Ne mažesnę svarbą turi ir poilsinio ar žvejybinio turizmo patrauklumo sumažėjimas.
